Zbiory i oddziały Obecnie zgromadzono w nich, w różnych działach, najbogatszą kolekcję dzieł sztuki z całego świata. W skład Muzeów wchodzą m.in.: Pinakoteka () – muzeum powstałe podczas pontyfikatu Piusa VI. Gromadzi obrazy od wczesnego renesansu do XIX wieku. Można w niej zobaczyć dzieła takich mistrzów jak Giotto, Bellini, Leonardo da Vinci, Caravaggio, Domenichino, Guido Reni i wielu innych. W salach Pinakoteki znajduje się także zbiór ikon bizantyjskich. Galeria obrazów zgromadzona przez Piusa VI została wywieziona przez Francuzów. Po kongresie wiedeńskim zbiory odtworzył Canova, odzyskując część kolekcji. Pius XI, po traktatach laterańskich, zreorganizował Watykan i w 1932 przeniósł do obecnej siedziby. Kolekcja liczy 432 obrazy, prócz tego fragmenty fresków i ołtarzy. Muzeum Pio-Clementino – zapoczątkowała kolekcja rzeźb antycznych zgromadzona przez Klemensa XIV i Piusa VI. Wśród greckich i rzymskich rzeźb najbardziej znane są: Apollo Belwederski, Grupa Laokoona i Tors Belwederski. Gregoriańskie Muzeum Etruskie (założone w 1836) i Muzeum Egipskie (założone w 1839 przez Grzegorza XVI) gromadzi zabytki pochodzące z wykopalisk prowadzonych na terenach południowej Etrurii i w Egipcie. Muzeum Misyjno-Etnologiczne (założone w 1925 przez Piusa XI).