Muzeum Podzielone jest na 2 części: pierwszą (Il Percorso principale) poświęcona tylko historii różnych religii w poszczególnych krajach pozaeuropejskich. Muzeum to podzielone jest na 25 działów obejmujących różne kraje lub większe strefy kulturowo-religijne (Chiny, Japonia, Korea, Tybet – Mongolia, Indochiny, subkontynent Indii, Indonezja – Filipiny, Polinezja, Melanezja, Australia, Etiopia, Madagaskar, Afryka, Ameryka, Persja). Ta część jest ogólnie dostępna dla publiczności. Druga część jest to muzeum – etnologii (Il Percorso secondario). Ten dział mogą oglądać wcześniej umówione grupy. Eksponaty w muzeum to głównie dary ofiarowywane papieżom oraz z wykopalisk. W latach 1967–1996 dyrektorem tego muzeum był Polak ks. Józef Penkowski. Muzeum Chiaramonti – powstało z inicjatywy Piusa VII w 1807, gromadzi kolekcję rzeźb antycznych powstałych w okresie od I wieku p.n.e. do III wieku. W licznych galeriach zgromadzone są zbiory arrasów, map i ksiąg. Do ciągu muzealnego zostały włączone Stanze, czyli pomieszczenia ozdobione freskami m.in. przez Rafaela oraz Kaplica Sykstyńska.