Budynek został rozebrany w listopadzie 2015 r., w wyniku modernizacji linii kolejowych nr 6 i 21. Nowa półotwarta wiata, nawiązująca architekturą do oryginalnej konstrukcji, powstała na nowym peronie nr 2 ok. 200 metrów bliżej Wołomina względem pierwotnej lokalizacji. Na brzegowym peronie 1 zbudowano samo zadaszenie, w takim kształcie, jak na peronie 2, lecz bez poczekalni.
Kasa biletowa mieści się w kontenerze umiejscowionym przy ul. ks. Z. Abramskiego, na skraju Parku Dębinki.
thumb|EZT EN57AL z Tłuszcza do Warszawy Wileńskiej thumb|Tunel drogowy w Zielonce Tunel drogowy W latach 2015–2017 po zachodniej stronie stacji PKP Polskie Linie Kolejowe wybudowały tunel drogowy (otwarty 26 maja 2017 r.) w ciągu ulicy Kolejowej. Zastąpił on istniejący w tym miejscu przejazd kolejowo-drogowy, z którego było dojście na jedyny wówczas peron.
Inne obiekty infrastruktury kolejowej Nastawnia Zl mieszcząca się na zachód od peronów i tunelu drogowego – kieruje ruchem na obszarze stacji. Ruchem na stacji kierują semafory świetlne.
Linie kolejowe thumb|500px|Schemat linii kolejowych w okolicy Zielonki (do 2016) Stacja Zielonka jest węzłem kolejowym, w którym krzyżują się następujące linie: 6 Zielonka – Kuźnica Białostocka 21 Warszawa Wileńska – Wołomin Słoneczna 449 Warszawa Rembertów – Zielonka