W lewej części transeptu znajduje się późnorenesansowy ołtarz Najświętszego Sakramentu. Freski zdobiące ściany ilustrują historię bazyliki. Powstały na przełomie XV i XVI wieku. Boczne kaplice oraz nawy (zwłaszcza nawy skrajne) to miejsce spoczynku papieży i kardynałów. Po lewej stronie znajduje się wejście na dziedziniec klasztoru. Otaczają go średniowieczne krużganki wykonane przez kamieniarzy z rodziny Vassallettich zaliczanych do szkoły Cosmatich. Krużganki powstały w latach 1215–1232. Charakteryzują się delikatną rzeźbą kolumienek, często skręconych, zdobionych mozaiką lub złoceniami.
thumb|Lateran – baptysterium św. Jana Transept jest połączony z baptysterium Świętego Jana u Źródła na Lateranie. Zostało zbudowane w latach 314–320 przez adaptację istniejących tu wcześniej term Domu Faustyny. Miało kształt rotundy z basenem pośrodku osłoniętym baldachimem. Obecną formę na planie ośmiokąta uzyskało podczas przebudowy w 440 r. kopułę wsparto na ośmiu porfirowych kolumnach a wokół basenu zbudowano obejście. Do zewnętrznej nawy dobudowano cztery kaplice. Pierwsza z prawej poświęcona jest św. Janowi Chrzcicielowi. Najprawdopodobniej drzwi prowadzące do tej kaplicy pochodzą z term Karakalli. Pierwsza z lewej strony to kaplica św. Jana Ewangelisty.