Nie mogąc zostać arcybiskupem w 1394 r. Jan wystarał się o biskupstwo kamieńskie. Dochody diecezji były jednak znikome, w związku z tym wystarał się u papieża prawa do czerpania dochodów z dóbr biskupstwa poznańskiego. Także i tym razem sprzeciw Władysława Jagiełły uniemożliwił mu objęcie bogatych prebend. W 1398 r. został przeniesiony na bardziej majętne biskupstwo chełmińskie leżące w całości na terenie zakonu krzyżackiego. W 1399 r. podróżującego w przebraniu przez Polskę biskupa zatrzymali w Kaliszu ludzie Władysława Jagiełły zmuszając go do złożenia przysięgi lojalności.
W 1401 r. zmarł stryj Jana, książę opolski Władysław, co umożliwiło ostateczne pogodzenie się króla polskiego z biskupem i objęcie na powrót stanowiska biskupa we Włocławku. Tym razem Jan pozostał biskupem kujawskim już do swojej śmierci. Stanowisko hierarchy we Włocławku do najłatwiejszych nie należało, głównie na skutek położenia diecezji w dwóch zwalczających się państwach, w państwie zakonu krzyżackiego i Polsce. Szczególnych trudności w sprawowaniu godności biskupa nastręczał fakt przynależności do diecezji Pomorza Gdańskiego, co było bardzo niewygodne dla zakonu, który robił, co tylko mógł, by uniemożliwić Janowi normalne rządy.