Na Australian Open przegrał w ćwierćfinale z Karolem Kučerą, na French Open odpadł w 2 rundzie z Ramónem Delgado. Tytuł na Wimbledonie Sampras obronił po wyrównanym pięciosetowym meczu z Goranem Ivaniševiciem, który wygrał ostatecznie wynikiem 6:7(2), 7:6(9), 6:4, 3:6, 6:2. Na US Open przegrał w półfinale w pięciu setach z Patrickiem Rafterem mimo prowadzenia 2:1 w setach. Udało mu się jednak po raz szósty z rzędu zakończyć sezon na pierwszym miejscu listy ATP.
Utrata pierwszego miejsca. Lata 1999–2000