Gdy przystępowano do projektowania budynku, nie było do końca jasne, jak rozmieszczone są uskoki tektoniczne, domyślano się jedynie, że mogą biec w pobliżu działki. Czołowi tajwańscy geolodzy rozpoczęli serię badań, aby ustalić, gdzie i na jakiej głębokości znajduje się ryft i czy jest aktywny. Okazało się, że 200 m od działki biegnie szeroki na 10 m uskok. Było to poważnym problemem, ponieważ z reguły im obiekt znajduje się bliżej uskoku, tym poważniejszych uszkodzeń doznaje, a jeżeli konstrukcja posiada nawet nieliczne słabe miejsca, może to doprowadzić do jej całkowitego zniszczenia.
Aby Taipei 101 mógł oprzeć się trzęsieniom, projektujący go inżynierowie zaprojektowali potężną konstrukcję. Wewnętrzny rdzeń budynku połączony jest z ośmioma zewnętrznymi kolumnami siecią poziomych odsadnic kratownicowych. Kolumny pełnią rolę kręgosłupa budowli, pozwalając jej w miarę potrzeb odchylać się, ale nie złamać. Każda z sekcji budynku pozostaje niezależna od pozostałych, przenosząc ciężar budowli z partii zewnętrznych w kierunku środka. Pomysł ten wykorzystywano już wcześniej, ale nigdy wspierające kolumny nie osiągnęły takich rozmiarów.