Badanie oporności Badanie oporności prątków gruźlicy za pomocą E-testów nie powinno się odbywać na agarze czekoladowym ze względu na długi czas oczekiwania wyników (21 dni); agar krwawy zapewnia krótszy okres oczekiwania (10 dni) i to on powinien być stosowany jeśli laboratorium nie dysponuje podłożem Middlebrooka 7H11.
Ograniczenia Wadą pożywki jest to, że wyrastają na nich praktycznie wszystkie możliwe bakterie pobrane w biomateriale, dlatego posiew np. z kału jest niemożliwy. Z tych przyczyn, jeśli jest to możliwe, wykorzystuje się inne podłoża, na których może wyrosnąć tylko jeden rodzaj bakterii.
Nie jest możliwa ocena strefy hemolizy wokół kolonii (w przeciwieństwie do agaru z krwią); występuje natomiast zmiana zabarwienia jeśli szczepy bakterii wytwarzają peroksydazę.
Warianty thumb|Jako pożywka nieselektywna agar czekoladowy umożliwia wzrost nie tylko poszukiwanemu drobnoustrojowi, ale także wielu innym (szalka po lewej stronie). Inaczej wygląda wzrost jednego drobnoustroju na podłożu selektywnym po stronie prawej grafiki, gdzie wzrasta wyłącznie dwoinka rzeżączki Isovitalex Wersja agaru czekoladowego wzbogacona o składnik isovitalex (IVX), będący źródłem dodatkowych cząsteczek NAD dla H. influenzae.