Z tego powodu zaleca się posiew moczu na agar czekoladowy przynajmniej u dzieci, nie jest to jednak wymogiem.
Posiew z tkanek Agar czekoladowy jest wykorzystywany przy posiewach w przypadku zapaleń tkanek głębokich – na przykład tkanki łącznej, zapalenia ucha oraz szpiku u dzieci. Przy wymazie z oka należy zawsze wykonać posiew także na agarze czekoladowym.
Agar czekoladowy nie jest zalecany przy posiewie bioptatów żołądka, ponieważ inne rutynowo stosowane podłoża zapewniają efektywniejszy wzrost Helicobacter pylori.
Hodowla grzybów Podłoże to nie jest stosowane podczas diagnostyki zakażeń grzybiczych jednak wzrastają na nim liczne grzyby. W badaniu porównawczym 5 podłóż (w tym Sabourauda) najszybszy wzrost grzybów uzyskano na agarze czekoladowym. Wyjątkiem było Histoplasma capsulatum gdzie nie uzyskiwano wzrostu – być może wzrost tych grzybów na agarze z krwią jest dłuższy, a metodologia zakładała hodowlę podłóż krwawych jedynie przez 3 dni. Z powodu H. capsulatum nie zaleca się ograniczania tradycyjnych podłóż w kierunku grzybów.