Comando Supremo podążyło inną drogą niż jego niemiecki odpowiednik, Oberkommando der Wehrmacht (OKW). Podczas gdy niemiecki Führer Adolf Hitler sprawował coraz większą kontrolę nad swoimi siłami zbrojnymi w miarę upływu wojennych lat, ograniczając wpływ OKW na froncie wschodnim, tak porażki Włoch na początku wojny zmusiły Mussoliniego do coraz większego akceptowania rad Comando Supremo. Do 1 stycznia 1943 roku miało ono bezpośrednie dowództwo nad włoskimi siłami działającymi w Afryce, Albanii, Chorwacji, Dalmacji, Dodekanezie, Grecji, Czarnogórze, Słowenii i Związku Radzieckim.
Pod rządami Cavallero Comando Supremo utrzymywało dobre stosunki z Oberbefehlshaber Süd, dowództwem sił niemieckich stacjonujących we Włoszech. Niemiecki attaché wojskowy w Rzymie, Enno von Rintelen, został oddelegowany do Comando Supremo. Na początku 1943 roku uległa postawa Cavallero wobec Niemców stawała się coraz bardziej kompromitująca. Dlatego 1 lutego 1943 roku zastąpił go Vittorio Ambrosio. 11 marca Ambrosio przywrócił stanowisko zastępcy szefa sztabu i mianował na niego Francesco Rossiego. Mianował też Giuseppe Castellano swoim generale addetto.