Chociaż powiedział Mussoliniemu na ich pierwszym spotkaniu, że zamierza odciążyć Comando Supremo, jego struktura pozostała w większości taka sama, jak za czasów Cavallero.
Podział dowodzenia pomiędzy Comando Supremo a sztabem generalnym armii przestał mieć funkcjonalną podstawę w 1943 roku wraz z zakończeniem aktywnego zaangażowania Włochów na froncie wschodnim, utratą Afryki i inwazją aliantów na Sycylię. Zgodnie z podziałem kompetencji, obrona terytorium Włoch przypadała armii. Ambrosio rzeczywiście mianował swojego kandydata, Mario Roattę, szefem sztabu generalnego armii, lecz mężczyźni pozostawali w konflikcie w sprawie postawy wobec Niemców. Ambrosio chciał ograniczyć liczebność sił niemieckich we Włoszech, podczas gdy Roatta chciał wezwania posiłków z Niemiec.
Okres Badoglio, 1943 thumb|Rozkaz od Comando Supremo do 33 Dywizji Piechoty „Acqui” z 11 września 1943 Obalenie Mussoliniego 25 lipca 1943 roku zostało zaplanowane w Comando Supremo przez Castellano. Kiedy król Wiktor Emanuel zatwierdził plan 20 lipca, poinformował o tym Ambrosia, który podjął działania w celu aresztowania Mussoliniego i sprowadzenia większej liczby żołnierzy do Rzymu. Po mianowaniu Badoglio premierem, król odzyskał dowództwo nad siłami zbrojnymi, a Comando Supremo zostało mu bezpośrednio podporządkowane.