Zdjęcia do filmu reżyser realizował w imitującym Lwów Krakowie, gdzie jego praca była słabiej nadzorowana niż w Warszawie; do produkcji filmu użyto wyblakłej barwnej taśmy Orwo. Wajda miał spore uwagi do filmu, w którym Żuławski posłużył się rwaną narracją oraz nerwowymi ruchami kamer, wobec czego debiutant odpowiedział weteranowi kina: „Wiesz, wybacz, ale to jest mój film i pocałuj się”. Pomimo dystrybucji na Festiwalu Filmowym w Wenecji, Trzecia część nocy została zignorowana przez tamtejszą krytykę. W Polsce była potępiana, natomiast we Francji cieszyła się niebywałą popularnością.
Konflikt pomiędzy Żuławskim a Wajdą pogłębił się, gdy realizator Trzeciej części nocy w ramach kierowanego przez Wajdę Zespołu Filmowego „X” nakręcił w 1972 Diabła – swój drugi film pełnometrażowy. Główny bohater filmu, młody szlachcic (Teleszyński), idąc za podszeptem diabła (Wojciech Pszoniak), morduje swoich bliskich, ale też uczestników patriotycznej konspiracji. Jak opisywał Diabła Sebastian Jagielski: „Wszystkiego jest tu, jak się zdaje, za dużo, za bardzo, za mocno: szaleńczy rytm kamery i niepokojąca muzyka Andrzeja Korzyńskiego, gwałt i histeria, orgie i makabra, kazirodztwo i śmierć”. Diabeł na tyle oburzył komisję kolaudacyjną, że film objęto zakazem rozpowszechniania trwającym do połowy lat 80. XX wieku.