Na całym kanale są cztery śluzy: Miłomłyn, Zielona, Ostróda, Mała Ruś.
Przy budowie Kanału Elbląskiego wykorzystano jeziora leżące na różnych wysokościach między Ostródą i Zalewem Wiślanym. Różnica poziomów sięga 100 m. Osobliwością na skalę europejską jest zespół 5 pochylni, po których przetacza się statki na platformach ustawionych na szynach. Zastosowane w tym celu szynowe urządzenia wyciągowe napędzane są mechanicznie siłą przepływu wody. Od kanału odgałęzia się kilka szlaków wodnych, m.in. Ostróda – jezioro Szeląg Mały, Ostróda – Jezioro Drwęckie – Drwęca – Wisła.
Ze względu na walory przyrodnicze i kulturowe teren został objęty ochroną prawną w formie Obszaru Chronionego Krajobrazu Kanału Elbląskiego. mały|Pochylnia Nowy Całun
Położenie Pod względem fizycznogeograficznym kanał położony jest w makroregionach Pobrzeża Gdańskiego, Pojezierza Iławskiego, Pojezierza Mazurskiego i Pojezierza Chełmińsko-Dobrzyńskiego, w mezoregionach Żuław Wiślanych, Pojezierza Dzierzgońsko-Morąskiego, Równiny Olsztynka i Doliny Drwęcy.