W latach 1969–1971 był założycielem i kierownikiem Klubu Studentów PW „Remiza” (przy ulicy Księcia Janusza), który zdobył – za rok 1970 – prestiżową nagrodę „Czerwonej Róży”, dla najlepszego klubu studenckiego w Polsce. W ramach klubu działał własny teatr studencki, kabaret i zespół rockowy oraz miały miejsce liczne koncerty muzyki klasycznej i rockowej (na żywo) oraz spotkania dyskusyjne i projekcje filmowe. Wystąpili w nim laureaci VIII Międzynarodowego Konkursu Pianistycznego im. Fryderyka Chopina (wśród nich Garrick Ohlsson), grając na zwykłym pianinie marki Calisia. Klub stał się głośny, co sprowokowało Komitet Uczelniany PZPR do żądania, aby upartyjnione władze Zrzeszenia Studentów Polskich usunęły Bogdana Czajkowskiego z funkcji kierownika klubu, co nastąpiło w 1971. Wywołało to bunt środowiska studenckiego PW, który stał się przyczyną kolejnej próby usunięcia Czajkowskiego ze studiów.
Po wprowadzeniu stanu wojennego działał w konspiracji, współpracując z prasą podziemną.