Jego mieszkanie (na warszawskim Gocławiu) służyło jako lokal konspiracyjny Tygodnika Mazowsze – spotykała się w nim jego redakcja na swoje dwudniowe posiedzenia.

.

Wiosną 1988 był pomysłodawcą i organizatorem „bezdebitowego” zjazdu młodych reżyserów (ostatnich dziesięciu roczników reżyserii w warszawskiej i krakowskiej PWST), którego celem było powołanie niezależnego stowarzyszenia reżyserów. Zjazd – który stał się obiektem zainteresowania SB – odbył się w maju 1988, w gmachu warszawskiej PWST. W drugim etapie tej inicjatywy doszło do zwołania, wbrew sprzeciwom Kazimierza Dejmka (ówczesnego szefa Związku Artystów Scen Polskich), ogólnopolskiego zjazdu polskich reżyserów. Zjazd odbył się we wrześniu 1988 i wzięło w nim udział około 250 osób, w tym wielu utytułowanych artystów. Zażądano na nim od władz ZASP-u „rozliczenia się” z działań w okresie stanu wojennego. Wobec aroganckiej postawy Kazimierza Dejmka – odmówił on spełnienia żądania i opuścił obrady – Czajkowski zgłosił wniosek powołania nowego stowarzyszenia zawodowego reżyserów. Wniosek został poparty publicznie przez Andrzeja Wajdę i przyjęty przez zgromadzenie.