Zaleca się używanie zarówno leków pierwszej jak i drugiej generacji, które dobierane powinny być indywidualnie, z uwzględnieniem profilu efektów ubocznych:
metabolicznych (w tym przyrost masy ciała, cukrzyca i hiperlipidemia) pozapiramidowych (w tym parkinsonizm, akatyzja, dyskineza i dystonia) sercowo-naczyniowych (w tym wydłużenie odstępu QT) hormonalnych (w tym zwiększenie stężenia prolaktyny w osoczu) innych (w tym nieprzyjemne subiektywne doświadczenia).
Lekiem, zatwierdzonym przez amerykańską Agencję Żywności i Leków (FDA) w terapii zaburzenia schizoafektywnego, jest paliperydon. Stosowane są także rysperydon, olanzapina, kwetiapina, zyprasydon, arypiprazol, haloperydol i inne. Nie ma jednak wystarczających dowodów, by móc rekomendować któryś z neuroleptyków jako najlepszy. Proponuje się stosowanie klozapiny w wypadku psychoz opornych na leczenie (nieadekwatna odpowiedź terapeutyczna na przynajmniej dwa inne leki przeciwpsychotyczne) oraz w celu redukcji ryzyka samobójstwa i zachowań agresywnych, gdy inne metody zawiodły. Nie zaleca się jednoczesnego podawania więcej niż jednego neuroleptyku, chyba że przez krótki czas podczas zmiany leków.