W 1496 roku król Jan I Olbracht zezwala Klemensowi Slonko, rajcy proszowskiemu, wznieść nowy ołtarz w kościele. Najstarsze szczegółowe opisy o ołtarzach spotykamy u Kazimierskiego w roku 1595, który wylicza 11 ołtarzy w kościele. Dekret z wizyty Łubieńskiego z roku 1747 wspomina ogólnie, że w kościele jest już 16 ołtarzy. Wizyta Kochańskiego z 1783 roku przyniosła opis poszczególnych ołtarzy, było ich 13 (?). W 1913 roku było 9 ołtarzy. Po zniszczeniach wojennych z 1914 roku, większa część wyposażenia kościoła uległa zniszczeniu. Obecnie są tylko 3 ołtarze. Ołtarz główny barokowy z 1631 roku wykonany przez rzeźbiarza krakowskiego Mikołaja Przybysławczyka, a w nim obraz pochodzący z 1636 roku, przedstawiający scenę Ukrzyżowanie, u góry ołtarza znajduje się obraz Koronacja Matki Boskiej z XVII wieku. Dwa ołtarze boczne barokowe (w dużym stopniu zrekonstruowane w latach 1933–1934), południowy z poł. XVIII wieku z obrazem św. Anny Samotrzeciej (XVII wiek), północny z I poł. XVIII wieku z obrazem Matki Boskiej Łaskawej (1933 rok, sukienka z ok. 1700 roku). W kościele znajdują się gotyckie hermy, pełniące funkcję oprawy relikwii, pochodzą z XV wieku i przedstawiają św. Wojciecha, św. Jakuba, św. Helenę, św. Barbarę i piąty nieznanej świętej. Sprzęty liturgiczne z XV-XVIII wieku. Łuk tęczowy późnobarokowy z ok.