Odbudowa prowadzona do 1836 roku doprowadziła do daleko idących zmian i uproszczeń. W 1914 roku zaraz po wybuchu I wojny światowej Rosjanie, cofając się spod Krakowa, okopali się w Opatkowicach, Austriacy z Łaganowa bombardowali miasto. Pod gradem kul zwalił się kościół parafialny i spłonął niemal doszczętnie. Pozostał tylko szkielet zrujnowanych murów. W latach 20. i 30. XX wieku kościół został odbudowany. Odbudowa możliwa była jedynie dzięki staraniom właściciela wchodzących w skład parafii Jakubowic – hr. Józefa Kleszczyńskiego, który na ten cel pozyskał kredyt bankowy, poręczył spłatę pożyczki własnym majątkiem. W ten sposób kubatura kościoła w stosunku do średniowiecznego pierwowzoru zmniejszyła się o ok. 40%.
Wnętrze Wystrój wnętrza kościoła był bardzo bogaty, niestety do naszych czasów przetrwała tylko mała część pierwotnego wyposażenia. Można to wytłumaczyć licznymi katastrofami, którym ulegał przez wieki. W 1418 roku Wojciech Jastrzębiec, biskup krakowski, erygował ołtarz NMP i śś. Piotra i Pawła, ufundowany przez Dziersława kanonika skalbmierskiego. W 1453 roku biskup krakowski Zbigniew Oleśnicki rozstrzygnął spór między rajcami miasta a Goworkiem z Makocic co do miejsca, w którym miały być umieszczone w nowym murowanym kościele ołtarze ze starego kościoła, oraz zarządza sposób obsadzania dzwonnika.