W 1602 roku utworzony został dekanat kostrzyński obejmujący 14 parafii.
Na przestrzeni wieków Kostrzyn kilkakrotnie był niszczony przez najazdy wojsk. W 1331 roku miasto zostało spalone przez Krzyżaków. W czasie wojny trzynastoletniej Kostrzyn wystawił w 1458 roku 3 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi Zamku w MalborkuKodex dyplomatyczny Wielkiej Polski; Codex diplomaticus Majoris Poloniae zawierający bulle papieżów, nadania książąt, przywileje miast, klasztorów i wsi, wraz z innemi podobnéj treści dyplomatami, tyczącemi się historyi téj prowincyi od roku 1136 do roku 1597; zebrany z materyałow przez Kaźmierza Raczyńskiego byłego Generała W. Polskiego i Marszałka nadwornego koronnego przysposobionych; wydany przez Edwarda Raczyńskiego, Poznań 1840, s. 181.. Kostrzyn został poważnie zniszczony w czasie najazdów szwedzkich w 1656 i w 1705 roku, kiedy to między innymi zrujnowane zostały obydwa kościoły. Kolejne wielkie pożary miały miejsce w 1498 roku, 1528 roku, 1580 roku. 16 września 1644 roku miasteczko zostało podpalone przez Andrzeja Przywartego. Spłonęły wówczas ratusz, mielcuch, browar, stodoły i spora część zabudowy Kostrzyna. Miasto nękane bywało również przez zarazy. Podczas jednej z epidemii w 1655 roku zmarło dwustu siedemdziesięciu mieszkańców Kostrzyna.