W chwili wkroczenia do miasteczka wojsk pruskich u schyłku XVIII wieku Kostrzyn liczył 771 mieszkańców, w mieście były czynne szkoła, poczta, ratusz, dwa gościńce i cztery wiatraki.
Podczas rozruchów wojennych w latach 1806–1811 w splądrowanych budynkach plebańskich założono magazyn. W 1813 w pościgu za armią Napoleona zatrzymały się w Kostrzynie oddziały regimentu huzarów rosyjskich. W czasie pobytu Rosjan w dniach 24–28 lutego miał miejsce wielki pożar miasta. Spłonął wówczas znajdujący się na Rynku ratusz wraz z archiwum.
Polscy mieszkańcy miasta aktywnie uczestniczyli w zrywach niepodległościowych XIX i XX wieku. W 1848 roku, podczas Wiosny Ludów, ogłoszono w Kostrzynie niepodległość Polski i zrzucono z budynków orły pruskie. Podczas powstania wielkopolskiego 1918–1919 Kostrzyn zorganizował kompanię oraz pluton powstańczy.
20 października 1939, w ramach Operacji Tannenberg, Niemcy rozstrzelali na rynku 28 wytypowanych wcześniej mieszkańców – głównie nauczycieli, a także lokalnych patriotów i przedstawicieli inteligencji. Czynny udział w wytypowaniu mieszkańców mieli przedstawiciele miejscowej mniejszości niemieckiej.
W latach 1962–1985 przez Kostrzyn przebiegały droga państwowa nr 17 i droga międzynarodowa E8, zaś do połowy lat 70.