Po nim placówką kierowali Wacław Kiściński (1983–1988), Michał Mietelski (1988–1989) i Krzysztof Radwan (1989–2020). Od grudnia 2020 do sierpnia 2021 roku p.o. dyrektora był Tomasz Krzaczyński. Od sierpnia 2021 dyrektorem jest Tomasz Kosecki.
Lotniczy Park Kulturowy W celu stworzenia odpowiedniego otoczenia parkowego, muzeum było inwestorem przedsięwzięcia o nazwie „Lotniczy Park Kulturowy”, którego projekt wykonano w Instytucie Architektury Krajobrazu Politechniki Krakowskiej pod kierunkiem Marii Łuczyńskiej-Bruzdy.
Nowy budynek muzeum Obok starego budynku biurowego (dawnej kancelarii lotniska zbudowanej przez Niemców w czasie II wojny światowej) powstał (otwarcie nastąpiło 18 września 2010 roku) nowy trzykondygnacyjny budynek, o powierzchni 4000 m² z lotu ptaka przypominający śmigło. Każde jego skrzydło pełni inną funkcję. Do ekspozycji obiektów muzealnych przeznaczone są dwa z nich. W trzeciej części zlokalizowane są m.in. biblioteka, biura, sale kinowa i konferencyjna. Inwestycja została sfinansowana ze środków samorządu województwa małopolskiego oraz środków unijnych i kosztowała około 45,8 mln zł. W lutym 2008 roku swoje wsparcie dla tej inicjatywy w kwocie 60 tys. dolarów zapowiedział amerykański koncern lotniczy Boeing. 19 maja 2008 roku odbyło się uroczyste poświęcenie i wmurowanie aktu erekcyjnego.