Budynek został zaprojektowany przez zespół architektów w składzie: Justus Pysall, Peter Ruge i Bartłomiej Kisielewski. Poświęcenia dokonał metropolita krakowski Stanisław Dziwisz. Obecni byli m.in. marszałek województwa małopolskiego Marek Nawara, senator RP Janusz Sepioł, dyrektorzy departamentów Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego.
Heksagon Wiosną 2023 roku rozpoczęła się realizacja nowego hangaru ekspozycyjnego o nazwie „Heksagon” w miejscu zburzonego podczas II wojny światowej. Będzie się w nim mieścić wystawa „Z wiatrem i pod wiatr – lotnictwo cywilne”.
Status prawny i struktura organizacyjna muzeum Muzeum działa w oparciu o ustawę o muzeachUstawa z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach (), ustawę o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnejUstawa z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej () oraz własny statut i podlega urzędowi marszałkowskiemu województwa małopolskiego. Zgodnie ze statutem muzeum jest samorządową instytucją kultury wyodrębnioną pod względem prawnym i ekonomiczno-finansowym, której organizatorem jest województwo małopolskie.