Województwo zapewnia środki potrzebne do utrzymania i rozwoju muzeum.
W Muzeum Lotnictwa Polskiego istnieją następujące jednostki organizacyjne: Dyrekcja Muzeum Lotnictwa Polskiego Dział Inwentaryzacji Muzealiów (DIM) Dział Upowszechniania Muzealiów (DUM) Dział Konserwacji Muzealiów (DKM) Dział Administracji (DA) Biblioteka Naukowa i Archiwum (BNiA), funkcjonująca na prawach działu Dział Finansowy (DF) Stanowisko ds. Sekretariatu (SEK)
Nadzór nad muzeum w sposób ogólny sprawuje Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, a w sposób bezpośredni – organizator. Przy muzeum działa trzynastoosobowa rada muzeum, której członków powołuje i odwołuje zarząd województwa małopolskiego. Wewnętrzne zasady pracy muzeum są określone w Regulaminie Organizacyjnym.
Pochodzenie eksponatów Większość eksponatów stanowią przekazane do muzeum egzemplarze wycofane z użytku przez wojsko lub władze państwowe. Część eksponatów trafiła do muzeum dzięki wymianie z innymi muzeami na świecie. Muzeum jest w posiadaniu 25 samolotów pochodzących z kolekcji Hermanna Göringa, która przed wojną znajdowała się w berlińskich Deutsche Luftfahrt Sammlung (Niemieckich Zbiorach Lotniczych) i po wojnie została przejęta przez Polskę jako mienie porzucone przez Niemców w Kuźnicy Czarnkowskiej (znajdującej się przed wojną na terenie Niemiec).