Kontrowersje Od momentu ustawienia pomnik wywoływał uwagi krytyczne, które dotyczyły zarówno lokalizacji pomnika, jego wyglądu, jak i sposobu realizacji. Pomnik został wykonany bez przeprowadzenia konkursu i konsultacji ze specjalistami (sam Dźwigaj konkurs nazwał bzdurąM. Branicka, Gniot na słupie, „Art & Business” 9/2001, s. 12.). Wykonanie rzeźby zleciło Dźwigajowi Arcybractwo Miłosierdzia, a nie miasto. Co więcej, radni o pomniku dowiedzieli się z zaproszenia na jego odsłonięcie. Pozwoleniu na budowę pomnika ks. Piotra Skargi na placu św. Marii Magdaleny wydał Prezydent Miasta Krakowa decyzja nr 182/1A/01 z dn. 16.III.2001, które poprzedziło zezwolenie konserwatorskie nr 300/00 z dnia 2.XII.2000 roku wydane przez Małopolskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków.
Pomnik został ustawiony na placu, którego projekt zagospodarowania, autorstwa Józefa Białasika i Michała Szymanowskiego, został wybrany w drodze konkursu w 1995 roku. Nie przewidywał on wznoszenia na placu żadnych dominujących elementów. Ustawienie pomnika wywołało sprzeciw Białasika i Szymanowskiego, którzy uznali, że miasto, zezwalając na ustawienie pomnika, zrobiło to bez ich zgody i naruszyło ich prawa autorskie. Stowarzyszenie Architektów Polskich złożyło w tej sprawie pozew przeciwko gminie.