Jednak Sąd Apelacyjny w Krakowie wyrokiem z dnia 18 czerwca 2003 roku (sygn. akt IACa 510/03) oddalił apelację i zasądził na rzecz Gminy Kraków od każdego z powodów po 600 zł tytułem zwrotu kosztów. Sąd stanął na stanowisku, że umieszczenie pomnika stanowi standardowe wykorzystanie placu i od wieków jest zgodne z przyjętymi zwyczajami.
Prof. Tadeusz Chrzanowski o swoim członkostwie w komitecie honorowym budowy pomnika dowiedział się z napisu na cokole.
W swoim artykule dr hab. Marek Zgórniak zauważył niezbyt wysokie walory artystyczne pomnika. Dostrzegł błędne proporcje Skargi, chwiejny sposób jego ustawienia na kolumnie, przesadny patos oraz połączenie realistycznej głowy z geometryzującym korpusem. Prof. Jacek Purchla powiedział o pomniku: Patetyczny realizm, o genezie bliskiej pomnikom wodzów rewolucji z poprzedniej epoki, jest nie tylko wyraźnym zgrzytem estetycznym w jednym z najpiękniejszych zakątków starego Krakowa, ale i propagowaniem anachronicznej dziś sztuki, a prof. Jacek Woźniakowski: Nie dość, że ksiądz Piotr Skarga wygląda, jakby miał zaraz popełnić samobójstwo, skacząc z kolumny, to jest szkodliwy dla cudownego miejsca, gdzie współgrają ze sobą wszystkie style architektoniczne.