był to pierwszy i największy geologiczny zakład naukowy w Polsce. Zakład posiadał bibliotekę stworzoną ze zbiorów samego profesora (4 tysięcy woluminów). Z inicjatywy Gabinetu powstał Zakładu Paleontologii, Krajowy Zakład Geologiczny (1905), Akademia Górniczo-Hutnicza, a w 1919 roku ogłosił drukiem powstanie projektu Państwowego Instytutu Geologicznego. Przez te lata stanowiska kierownicze w Zakładzie Mineralogii i Petrografii zajmowali Alojzy Alth, Feliks Kreutz, Józef Grzybowski, Władysław Pawlica, Stefan Kreutz, Jan Nowak. W 1927 roku UJ wprowadził magisteriaty w zakresie geologii i paleontologii. W 1928 roku przy UJ pracowały trzy odrębne placówki z zakresu nauk geologicznych: Gabinet Mineralogiczny (Collegium Minus, ul. Gołębia 11), Gabinet Geologiczny (Collegium Physicum, ul. św. Anny 6) (późniejszy Zakład Geologiczny (1929)) oraz Pracownia Paleontologiczna (Collegium Iuridicum, ul. Grodzka 53), wydzielona formalnie w 1912 i kierowana przez Józefa Grzybowskiego do 1922 roku. Po śmierci J.