Grzybowskiego kierownictwo Pracowni Paleontologicznej objął Jan Nowak, który kierował pracownią i od roku 1928 Gabinetem Geologicznym aż do wybuchu II wojny światowej.

W 1933 roku przy Zakładzie Geologii powstała pracownia do badań gruntów, nazwana w 1937 Stacją Doświadczalną do Badań Gruntowych przy Zakładzie Geologii UJ a zatwierdzona przez ówczesne Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. W latach 1939–1945 Katedra Geologii została zamknięta, jej pomieszczenia zajęte zostały przez okupanta a wielu profesorów zostało zesłanych do obozu w Sachsenhausen.

Po wyzwoleniu Krakowa reaktywacją Zakładu Geologicznego zajęli się przedwojenni pracownicy: dr K. Konior, Andrzej Michalik, dr J. Burtan, dr S. Sokołowski i prof. Julian Tokarski. Pierwsze wykłady rozpoczęły się 1 marca 1945. W 1945 roku kierownictwo Zakładu objął prof. Antoni Gaweł, który pełnił tę funkcję do roku 1974.

W październiku 1951 nastąpiła likwidacja Zakładu Geologii, Mineralogii i Paleontologii UJ;