W 1921 roku pieczę nad zbiorami etnograficznymi przejął muzeolog i znawca etnografii Europy Eugeniusz Frankowski, który przekształcił placówkę w nowoczesne muzeum prowadzące działalność naukową i wystawienniczą. Zbiory muzealne liczące w 1922 roku 8954 eksponatów szybko powiększały się, i w roku 1939 liczyły ok. 30 000 obiektów. Zbiory podzielono na trzy podstawowe grupy: pochodzące z ówczesnych terenów Polski, w tym cenne stroje i tkaniny ludowe oraz kolekcja huculska licząca 3000 okazów; zbiory ze Słowiańszczyzny i zbiory z innych krajów, stanowiące ponad 50 procent całości zasobów.
Wiele eksponatów pochodziło z prywatnych kolekcji polskich etnografów np. Leopolda Janikowskiego, Jana Kubarego, Bronisława Piłsudskiego, unikatowe zbiory indochińskie, pochodzące od Ignacego Zaremby Belakowicza oraz zbiory pochodzące z Chin, Japonii, Bliskiego Wschodu, Australii i innych rejonów świata.
Przed II wojną światową Biblioteka Muzeum Etnograficznego należała do najbogatszych bibliotek etnograficznych w kraju.
Znajdujące się w Muzeum Przemysłu i Rolnictwa zbiory Muzeum Etnograficznego zostały spalone podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939.