W 1946 roku rozpoczęły się prace organizacyjne wskrzeszenia muzeum. Pierwotnie funkcjonowało pod nazwą Muzeum Kultur Ludowych, a jego tymczasową siedzibą był zabytkowy XVIII-wieczny pałac Brühla na Młocinach przy ul. Muzealnej. W 1949 roku otworzono pierwszą wystawę w powojennej historii Muzeum. Ekspozycja nosiła nazwę „Polski strój ludowy”. W 1959 roku Muzeum otrzymało nową siedzibę – zniszczony XIX-wieczny gmach Towarzystwa Kredytowego Ziemskiego, usytuowany u zbiegu ulic Kredytowej i Mazowieckiej. Jego odbudowę, finansowaną z kredytów Ministerstwa Kultury i Sztuki (MKiS), zaplanowano na lata 1962–1972. 15 grudnia 1973 roku nastąpiło uroczyste otwarcie Muzeum w nowej lokalizacji. Koordynatorem prac był dr Kazimierz Pietkiewicz, pełniący urząd dyrektora od 1969 r.
W trakcie kadencji Jana Witolda Suligi muzeum uzyskało status narodowej instytucji kultury (1992) oraz, decyzją MKiS, zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów (1998).
Muzeum wydaje od 2009 roku czasopismo naukowe „Etnografia Nowa” – periodyk antropologiczny. W Muzeum działa Biblioteka z czytelnią. Zbiory biblioteczne liczą 30 tys. woluminów (w tym starodruki i materiały kartograficzne oraz czasopisma). W Muzeum funkcjonuje Dział Dokumentacji Archiwalnej i Fotograficzno-Filmowej z ponad 120 tys.