W 1290 miasto otrzymało prawo mili, było także ośrodkiem handlu soli i sukna. W 1328 Złotoryja wraz z resztą księstwa legnickiego stała się lennem Czech. Najazdy husytów w latach 1427, 1428 i 1431 spowodowały konieczność zbudowania murów obronnych, których znaczne fragmenty wraz z Basztą Kowalską zachowały się do dzisiaj. W 1456 miał miejsce bunt plebejski, który zakończył się zgładzeniem burmistrza. Na pierwszej mapie Europy z 1467 r. Mikołaj z Kuzy na obszarze Śląska oprócz Wrocławia zaznaczył tylko Złotoryję. W 1497 w mieście panowała epidemia. Hieronymus Gürtler (Aurimontanus) założył szkołę miejską w 1504 r.
Pierwsze protestanckie kazanie wygłoszono w Złotoryi w 1522 r. w kościele mariackim. W mieście kilka lat później na bazie szkoły Aurimontanusa powstało gimnazjum łacińskie, którego okres świetności przypada na rektorat Valentina Trozendorfa. Renoma szkoły była tak wielka, że książę Fryderyk II rozważał jej przekształcenie w uniwersytet. Śmierć księcia i pożar miasta w 1554 roku przerwały te plany.
XVI wiek to okres rozwoju gospodarczego Złotoryi. Powstał tu m.in. browar.
Złotoryja wraz z księstwem legnickim przeszła pod zwierzchnią władzę Habsburgów w roku 1526.