Rok 1608 przyniósł miastu powódź, w której zginęło ok. 50 złotoryjan, w roku 1613 pożar zniszczył 571 domów. Miasta nie ominęła także wojna trzydziestoletnia. Wskutek tych wydarzeń w XVII wieku miasto straciło na znaczeniu.
W 1675, po śmierci ostatniego władcy z dynastii Piastów, Jerzego Wilhelma, przeszła pod bezpośrednie panowanie Habsburgów. W roku 1742 Złotoryja wraz z większością Śląska po trzech wojnach śląskich z Austrią została zdobyta przez Prusy.
23 sierpnia 1813 bitwa o miasto pomiędzy wojskami Napoleona a oddziałami prusko-rosyjskimi. 26 sierpnia 1813 cofająca się napoleońska Armia Bobru marszałka Macdonalda przegrała niedaleko Złotoryi bitwę z wojskami pruskimi, dowodzonymi przez feldmarszałka Gebharda von Blüchera. W 1820 rozebrano mury miejskie co ułatwiło rozwój przestrzenny miasta.
Pod koniec XIX wieku i na początku XX wieku zbudowano linie kolejowe: 15 października 1884 otwarto jednotorową linię do Legnicy (dł. 21,3 km), 16 września 1895 otwarto jednotorową linię przez Jerzmanice do Świerzawy (dł. 14,9 km), 15 września 1906 otwarto jednotorową linię do Chojnowa (dł.