Prusy Książęce i okres nowożytny Po sekularyzacji państwa zakonnego i hołdzie pruskim w 1525 roku Barciany znalazły się w granicach Prus Książęcych, pozostających do 1657 roku lennem Korony Polskiej. Zamek przestał pełnić funkcję siedziby krzyżackiego prokuratora i służył odtąd administracji książęcych dóbr.
Około 1583 roku, za rządów margrabiego Jerzego Fryderyka, budowniczy Blasius Berwart wzniósł lub gruntownie przebudował skrzydło zachodnie. Powstało ono w miejscu średniowiecznego muru obwodowego i było szersze od skrzydła przewidzianego w pierwotnym projekcie zamku.
W XVIII i XIX wieku zabudowano również południową stronę dziedzińca. Dopiero w czasach nowożytnych zespół uzyskał więc formę zamkniętego z czterech stron czworoboku zabudowy.
XX i XXI wiek W czasie I wojny światowej pożar zniszczył znaczną część skrzydła północnego. W literaturze spotykane są daty 1914 i 1915; Torbus podaje rok 1914. Odbudowę przeprowadzono przede wszystkim w latach 1926–1928, rekonstruując m.in. ceramiczne pokrycie dachu.
Po 1945 roku Barciany znalazły się w granicach Polski. Zamek został przejęty przez Państwowe Gospodarstwo Rolne i do około 2000 roku mieścił m.in. biura i magazyny.