Stubaier Alpen tworzą fragment głównej grani Alp, stanowiącej zarazem granicę hydrogeograficzną. Ich północne stoki odwadniane są przez Inn (dopływ Dunaju, zlewisko Morza Czarnego), południowe stoki przez Adygę (dopływ Padu, zlewisko Adriatyku).
Sąsiednie grupy górskie Według AVE z pasmem tym sąsiadują następujące grupy górskie: Tuxer Alpen od wschodu – granicą jest rzeka Sill płynaca dnem doliny Wipptal, Alpy Zillertalskie od wschodu ku południowi – oddziela je przełęcz Brenner (dokładniej: w dolinie Unteres Wipptal potok Sill od Brenner do ujścia Schmirnbach, w dolinie Oberes Wipptal potok Eisack między Brenner a Sterzing), Sarntaler Alpen od południa, Alpy Ötztalskie od południowego zachodu i zachodu – przełęcz Timmelsjoch, Wettersteingebirge und Mieminger Kette od północnego zachodu – granicą jest rzeka Inn od ujścia Ötztaler Ache do ujścia Niederbach koło Zirl, Karwendel od północnego wschodu – Inn od Zirl do Innsbrucku.