Najdłuższy system kanałów zbudowano w połowie XIX w. na Pojezierzu Iławskim. Łączył on większe jeziora i położone nad nimi miasta (Iława, Ostróda) z portem morskim w Elblągu. Głównym elementem tego systemu był Kanał Elbląski, zbudowany w latach 1844–1860, posiadający m.in. pięć pochylni, przez które przeciąga się statki na platformach szynowych. Również w połowie XIX w. ukończono budowę połączeń kanałowych między wielkimi jeziorami Pojezierza Mazurskiego. Za pośrednictwem jezior Mamry, Niegocin, Jagodne, Tałty, Bełdany, Śniardwy, Roś i kilku mniejszych powstały szlaki transportowe między Węgorzewem, Giżyckiem, Mikołajkami, Piszem i Rucianem-Nidą.

W drugiej połowie XIX wieku na skutek konkurencji kolei drogi wodne straciły częściowo na znaczeniu. Ruch statków i tratew na rzekach zmniejszył się, a budownictwo kanałów ograniczało się do uzupełnień istniejących już wcześniej systemów. Najpoważniejszą inwestycją była kanalizacja górnej Odry, która umożliwiła przepływ barek 400-tonowych. Pod koniec XIX w.