Argumenty przeciwników Krytycy systemu bonów szkolnych wskazują, że wybór między różnymi szkołami możliwy jest także w istniejącym systemie szkół państwowych. Kluczowym powodem pozwolenia na wybór szkół prywatnych jest przekonanie, że szkoła prywatna jest lepsza – przekonanie naruszone przez badanie oświaty amerykańskiej w roku 2006() Dept. of Education.. Z raportu tego wynika, że średnie wyniki testów czytania oraz matematycznych, po uwzględnieniu charakterystyk uczniów i szkół, były bardzo podobne w szkołach publicznych i prywatnych, mimo że w szkołach prywatnych wyniki były lepsze. Jednak porównania wyników sprawdzianów w polskich szkołach jednoznacznie potwierdzają, że dzieci w prywatnych szkołach uzyskują lepsze wyniki egzaminów zewnętrznychRanking Szkół Podstawowych w Warszawie..

Argumentem przeciwko bonom jest fakt, że osłabią one oświatę państwową, podczas gdy niekoniecznie dostarczą wystarczających funduszy na szkoły prywatne. Oponenci wskazują na wzrost kosztów lekcji wraz ze wzrostem zapotrzebowania. Twierdzą także, że bony spowodują dodatkową, sponsorowaną przez podatnika ucieczkę dzieci białych do szkół prywatnychhttp://www.k12academics.com/ed_voucher_controversy.htm..