Po roku 1670 nieznany fałszerz zdrapał niektóre litery w tekście i nadpisał nowe (srebrem), czyniąc w ten sposób poprawki w kodeksie. Poprawki miały na celu poparcie teorii profesora Olofa Rudbecka głoszącego, że Szwecja jest kolebką cywilizacji europejskiej. Nie wiadomo, kto dokonał fałszerstwa.
Pomiędzy rokiem 1821 a 1834 dziesięć kart z tekstem Ewangelii Marka zostało wykradzionych. Brak został odkryty w 1834 przez niemieckiego uczonego Augusta Juliusa Löbego, który kolacjonował tekst rękopisu na potrzeby przygotowywanego przez siebie wydania gockiej Biblii. Przez kilka następnych lat biblioteka trzymała ten fakt w tajemnicy. Gdy Anders Uppström, szwedzki filolog, przystąpił do przygotowania własnego wydania kodeksu, brak owych kart szczególnie go irytował. Fakt ten stał się w Szwecji znany, podejrzewano, że kradzieży dopuścił się któryś z brytyjskich uczonych. Wpłynęło to na niechęć wobec wszystkich brytyjskich uczonych przybywających do Szwecji. W 1857 Uppström ogłosił, że utracone karty się odnalazły, na miesiąc przed śmiercią złodzieja. Samuel Prideaux Tregelles, brytyjski biblista i krytyk tekstu, uznał, że cała ta historia została zmyślona przez Uppströma.