W czasie powstania warszawskiego zbiory biblioteki, którą kierował przez kilkanaście lat, strawił pożar. Zniszczenia wojenne sprawiły, że w 1945 prace nad stworzeniem Głównej Biblioteki Lekarskiej trzeba było rozpoczynać niemal od podstaw. Aktywnie włączył się w nie Stanisław Konopka, powołany na naczelnika Wydziału Naukowo-Wydawniczego w Ministerstwie Zdrowia oraz dyrektora tworzonej biblioteki. Za faktyczną datę powstania Głównej Biblioteki Lekarskiej uchodzi 8 czerwca 1945, chociaż formalne podstawy prawne nadano jej dopiero 5 listopada 1949. Zgodnie z raportem Konopki, po miesiącu działalności zbiory biblioteki liczyły około 26 tysięcy tomów, głównie z darów instytucji i osób prywatnych, zakupów, a także przejętych z księgozbiorów poniemieckich. W ciągu ćwierćwiecza dyrektorowania Głównej Bibliotece Lekarskiej Konopka doprowadził jej zbiory do liczby przeszło pół miliona woluminów; nie udało mu się natomiast zrealizować planów związanych z rozbudową siedziby przy ulicy Chocimskiej, zdołał jedynie w pierwszych latach działalności przeprowadzić jej powojenny remont, jak również pozyskać i wyremontować budynek magazynowy przy ulicy Kujawskiej.