monografii o Kaczkowskim, a także Bibliografii pediatrii polskiej i opieki nad dzieckiem (XVI–XX w.) oraz Polskiej bibliografii lekarskiej za lata 1901–1939 i przygotowywane te dzieła uległy zniszczeniu w wojennej zawierusze, podobnie jak prywatne zbiory bibliofilskie i archiwalne Konopki (księgozbiór liczył przeszło 16 tysięcy tomów, Konopka zgromadził też kilkanaście tysięcy tek biograficznych lekarzy polskich wraz z dokumentami i fotografiami). Po 1945 udało się jedynie odtworzyć Polską bibliografię lekarską za lata 1901–1939, chociaż akurat ta część bibliografii do końca życia autora nie doczekała się publikacji.
We wrześniu 1939 Stanisław Konopka pełnił obowiązki komendanta jednego ze szpitali polowych, potem szpitala wojskowego dla jeńców polskich w Jarosławiu. Powrócił następnie do Warszawy i przez kilka lat kierował biblioteką Szpitala Ujazdowskiego. 8 stycznia 1943 aresztowany przez gestapo, więziony był na Pawiaku, następnie w obozie koncentracyjnym na Majdanku, od 1944 w obozie w Gross-Rosen, od lutego do maja 1945 w obozie w Litomierzycach.