Przeprowadzona w październiku 1948 roku operacja „Hiram” umożliwiła Izraelczykom zajęcie całej Galilei. Po wojnie moszaw został przekształcony w całkowicie cywilną osadę rolniczą. Jednak położenie blisko granicy libańskiej powodowało, że obszar ten był niezwykle niebezpieczny i nie sprzyjał rozwojowi osadnictwa. Moszaw był wielokrotnie ostrzeliwany przez terrorystów przenikających przez granicę z terytorium Libanu. W latach 50. XX wieku moszaw dotknęła głęboka zapaść gospodarcza, w wyniku której większość jego mieszkańców wyjechała. W 1963 roku w Ramot Naftali mieszkała zaledwie jedna rodzina. W następnych latach władze poczyniły liczne kroki na rzecz rozwoju moszawu, przyciągając do niego nowych mieszkańców. Początkowo mieszkali oni w starych domach położonych na centralnym wzgórzu. Jednak później wybudowano nowe domy mieszkalne, położone bardziej na wschód. Kiedy w 2000 roku izraelska armia wycofała się ze strefy bezpieczeństwa w południowym Libanie, sytuacja w rejonie Ramot Naftali znacznie się pogorszyła. Podczas II wojny libańskiej w 2006 roku moszaw ucierpiał od ostrzału rakietowego Hezbollahu.