W tym samym okresie powstał najprawdopodobniej obraz Chrystus zmartwychwstały (teraz w National Gallery w Waszyngtonie) oraz panel przedstawiający Ofiarowanie w świątyni (1494), który stanowił centralną część tryptyku, którego pozostałe części to Święty Augustyn i ofiarodawca (część lewa) i Święty Piotr Męczennik i ofiarodawczyni (część prawa) (obecnie obydwa w Luwrze).
Mediolan, Lodi i Bergamo Po okresie poświęconym pracom wyłącznie dla Certosy Bergognone przeniósł się do Mediolanu, gdzie wykonał cykl fresków dla kościoła Santa Maria presso San Satiro, prawdopodobnie pod ścisłym kierownictwem Bramantego. Obecnie freski te w znacznej części znajdują się w Pinakotece Brera. Na początku XVI w. artysta wykonał wiele prac dla Mediolanu, Lodi i Bergamo. Na ok. 1500 r. datowany jest ołtarzyk z Madonną z Dzieciątkiem z Accademia Carrara w Bergamo. W latach 1500–1505 namalował poliptyk dla kościoła San Bernardino w Bergamo. Z tego dzieła zachowały się niektóre części: Św. Marta, Św. Jan Ewangelista i Św. Hieronim w Accademia Carrara oraz Św. Maria Magdalena w Filadelfii. Prawdopodobnie z 1501 r. pochodzi Chrystus dźwigający krzyż (National Gallery w Londynie), który z Modlitwą w ogrójcu (też National Gallery) stanowił tryptyk lub poliptyk.