Z 1508 r. pochodzą Ukoronowanie Matki Bożej z absydy bazyliki San Simpliciano w Mediolanie oraz Poliptyk Ducha Świętego z Bergamo.
W 1508 r. Bergognone namalował Historie Maryi dla kościoła Matki Bożej Ukoronowanej w Lodi, które uznawane są za jego największe dzieła. Potrafił połączyć tam postacie jakby wzięte od Leonarda ze scenografią w stylu Bramentego oraz pejzażami charakterystycznymi dla Lombardii. Najlepszym przykładem jest tu Zwiastowanie.
Ostatnie dzieła Ostatni okres twórczości rozpoczyna się od krótkiego powrotu do Certosy (1514), gdzie w refektarzu maluje fresk Madonny Mlecznej oraz popiersia apostołów. Z ostatniego okresu pochodzą też Święci Roch i Sebastian (prywatna kolekcja w Mediolanie) i monumentalne freski w kapitularzu Santa Maria della Passione w Mediolanie (1514-1518). Z 1522 r. jest Ukoronowanie Matki Bożej (Brera).