Piętnastoletni Kemper uciekł z domu matki z zamiarem zamieszkania z ojcem w Van Nuys. Kiedy tam dotarł, dowiedział się, że ojciec ożenił się ponownie i ma pasierba. Po krótkim pobycie u ojca został wysłany do dziadków, mieszkających na rancho w hrabstwie North Fork w Kalifornii. Kemper szybko znienawidził dom dziadków, a jako dorosły wspominał go jako miejsce, w którym babka podobnie jak matka bezustannie poniżała Eda i jego zdziecinniałego dziadka.
Pierwsze morderstwa 27 sierpnia 1964 roku piętnastoletni Kemper pokłócił się w kuchni ze swoją babką Maude Kemper. W pewnym momencie rozwścieczony wybiegł i chwycił strzelbę, którą otrzymał od dziadka. Powróciwszy do kuchni, śmiertelnie postrzelił babkę w głowę, a potem strzelił jej dwa razy w plecy. Niektóre źródła podają, że po jej śmierci Kemper zadał babce szereg ciosów nożem kuchennym. Kiedy dziadek Kempera, Edmund Emil Kemper I wrócił z zakupów, Kemper zastrzelił go na podjeździe. Nie wiedząc, co robić dalej, zadzwonił do matki, która nakazała mu skontaktować się z lokalną policją. Kemper zadzwonił na posterunek i czekał na funkcjonariuszy, by zabrali go do aresztu.