Lata 90 XX wieku Najlepsze jednak miało dopiero nadejść. Sezony 1990/1991 oraz 1991/1992 zakończyły się wywalczeniem dwa razy z rzędu podwójnej korony, czyli jednocześnie zdobyciem Pucharu Polski oraz złotego medalu Mistrzostw Polski pod kierunkiem trenera Andrzeja Grygołowicza. W następnym sezonie do medalowego dorobku został jeszcze dołożony brąz. Sezon 1993/1994 okazał się powrotem kryzysu. Kłopoty finansowe i odejście kilku podstawowych graczy spowodowało, że klub spadł do I ligi serii B (w 1989 roku nazwa I ligi została przemianowana na I liga seria A, a II ligi na I liga seria B), a następnie nawet na jeden sezon do II ligi. Kolejne lata to naprzemienna gra w I lidze serii B i I lidze serii A. Sytuacja ustabilizowała się dopiero w sezonie 1998/1999, kiedy to klub pod wodzą Stanisława Iwaniaka, byłego zawodnika tej drużyny, na dobre powrócił do najwyżej klasy rozgrywkowej. Po zakończeniu sezonu 1999/2000 w miejscu dotychczasowej siatkarskiej ekstraklasy została utworzona zawodowa liga pod nazwą Polska Liga Siatkówki, a wśród jej uczestników znalazł się również kortowski klub.
Lata 2000–2009 Sezon 2000/2001