Oświadczył, że ponieważ nie osiągnął celu, jakim było dotarcie do play-offów Liga MX z klubem, powołując się na to, że Toluca jest dużym klubem z dyrektorami i kibicami, którzy oczekiwali od drużyny znacznie więcej, niż mógł on nadal oferować. Stwierdził, że gdy drużyna nie jest już w stanie osiągnąć tego, czego się od niej wymaga, pierwszą zmianą, która musi nastąpić, jest trener, bez dwóch zdań. Jego drużyna zajęła drugie miejsce w Lidze Mistrzów CONCACAF 2013–14, remisując w dwumeczu 1–1 z Cruz Azul, a ostatecznie przegrywając w rzutach karnych. Po odejściu z Deportivo Toluca, w czerwcu 2016 roku, został zatrudniony jako trener Jaguares de Chiapas, który stał się jego trzecim meksykańskim zespołem w roli trenera. Jednak po zaledwie ośmiu meczach, w których zanotował jedno zwycięstwo, dwa remisy i sześć porażek, klub zdecydował się rozwiązać z nim kontrakt. Mimo to, na prośbę zawodników, zarząd zdecydował się dać mu kolejną szansę, ale w kolejnym meczu poniósł kolejną porażkę, tym razem 0:3 z Cruz Azul, co doprowadziło do rezygnacji „Pepe”. Pod koniec stycznia 2017 roku został zatrudniony przez Club Puebla. W 2018 roku, po odejściu Argentyńczyka Matíasa Almeydy ze stanowiska trenera, przybył do Chivas de Guadalajara. W 2021 roku został nowym trenerem CSD Municipal w Gwatemali, po zwolnieniu trenera Sebastiána Biniego.