W 1942 Universitatea ponownie dotarła do finału Pucharu Rumunii, w którym przegrała 1:7 z Rapidem Bukareszt.
Z chwilą, gdy w 1945 Siedmiogród ponownie został włączony do Rumunii, Universitatea wróciła do swojej pierwotnej siedziby. W 1946 klub zmienił nazwę na Știința Cluj. W 1949 po raz trzeci dotarł do finału Pucharu Rumunii, przegrywając 1:2 z klubem CSCA București.
W końcu lat 50. i na początku lat 60. trenerem klubu Știința Cluj był Ștefan Kovács, rumuński trener, który później opiekował się drużyną Ajaxu Amsterdam.
W sezonie 1964/65 udało się zdobyć Puchar Rumunii, co do dziś jest największym osiągnięciem klubu. Pozwoliło to zadebiutować w europejskich pucharach – w Pucharze Zdobywców Pucharów w sezonie 1965/66. W pierwszej rundzie Știința wyeliminowała austriacki klub SC Wiener Neustadt, wygrywając 1:0 na wyjeździe i 2:0 u siebie. W walce o ćwierćfinał Atlético Madryt (zdobywca Pucharu Hiszpanii) okazał się za trudną przeszkodą – po porażce 0:2 u siebie zdobywcy Pucharu Rumunii przegrali w Madrycie 0:4.