Zgromadził 1151 punktów (o 13 mniej niż sezon wcześniej) i drugiego Janne Ahonena wyprzedził o 127 pkt.

Kryzys i powrót do formy thumb|Jakub Janda podczas benefisu Adama Małysza Mimo sukcesów Jakuba Jandy, w trakcie sezonu 2005/2006 pojawiły się wewnętrzne konflikty w ekipie czeskich skoków, spowodowane walką o wpływy, toczącą się między osobami związanymi z kadrą. Sytuacja ta zniechęciła Vasję Bajca do dalszej pracy z reprezentacją. W konflikcie tym Jakub Janda opowiedział się po stronie szkoleniowca, grożąc, że jeśli Słoweniec odejdzie, jest gotów nawet zakończyć karierę. Mimo to, po zakończeniu sezonu Vasja Bajc zrezygnował ze stanowiska i został trenerem reprezentacji Słowenii. Jakub Janda zdecydował się na kontynuowanie kariery pod wodzą nowego trenera, Austriaka Richarda Schallerta. Od tego czasu ani razu nie stanął na podium Pucharu Świata. W sezonie 2006/2007 tylko dwukrotnie udało mu się zająć miejsce w pierwszej dziesiątce;