najlepszą lokatę – 4. – zajął pod koniec sezonu w konkursie w Kuopio. Występ na mistrzostwach świata w Sapporo zakończył się dla niego 20. miejscem na dużej skoczni i 18. na normalnej. W klasyfikacji generalnej Pucharu Świata zajął 22. pozycję, z 253 punktami na koncie.
thumb|Jakub Janda podczas odwołanej serii Mistrzostw Świata w Lotach Narciarskich w 2012 Na początku sezonu 2007/2008 znalazł się poza reprezentacją Czech. Dopiero dzięki dobrym występom w Pucharze Kontynentalnym wrócił do reprezentacji. Zaledwie pięciokrotnie udało mu się zająć miejsce w punktowanej trzydziestce, przy czym za każdym razem była to lokata w trzeciej dziesiątce. W klasyfikacji generalnej PŚ zajął 49. miejsce (szóste miejsce wśród Czechów). Przed sezonem 2008/2009 został przesunięty z kadry A do kadry B.
Trenując w kadrze B, późnym latem 2008 ponownie nawiązał kontakt z Vasją Bajcem, który akurat podjął pracę w Tureckim Związku Narciarskim. Janda wygrał zawody Letniego Pucharu Kontynentalnego w Oberstdorfie, a tydzień później zajął 5. miejsce podczas finału Letniego Grand Prix w Libercu. W sezonie zimowym 2008/2009 trzykrotnie udało mu się znaleźć w pierwszej dziesiątce zawodów, najlepszą lokatę (6.) zajmując w Zakopanem. Sezon ukończył na 22. miejscu w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata.