Szybko jednak doszło do konfliktu między Zarządem PKEChB a liderami ZKCh skupionymi wokół Jerzego Sacewicza, którzy utrzymywali w ramach Kościoła własną – alternatywną w stosunku do Zarządu – strukturę administracyjną, kierującą zborami dawnego ZKCh.
W sierpniu 1946 roku zorganizowano nadzwyczajny XI Zjazd Przedstawicieli Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, na którym postanowiono reaktywować Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych jako samodzielny Kościół. Wybrano nową Radę Naczelną w składzie: Jerzy Sacewicz – prezes, Bolesław Winnik – wiceprezes i skarbnik, Mikołaj Korniluk – sekretarz oraz jako członkowie: Nikon Jakoniuk, Paweł Bajeński, Szymon Sacała, Konstanty Sacewicz, Teodor Lewczuk i Józef Muranty. Mieszkający już w tym czasie na stałe w Stanach Zjednoczonych Konstanty Jaroszewicz, został honorowym prezesem i generalnym przedstawicielem ZKCh za granicą.
W listopadzie 1946 środowisko dawnego ZKCh wystąpiło z PKEChB. Wznowiono wówczas działalność Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych Wyznania Ewangelicznego w Polsce.