Jego stan posiadania był wówczas następujący: 4 zbory w województwie białostockim (Siemiatycze, Boćki, Milejczyce, Grodzisk) 8 zborów w województwie mazurskim (Olsztyn, Lidzbark Warmiński, Kętrzyn, Mrągowo, Rumy, Świętajno, Ruskowo, Pasłęk) 1 zbór w Gdańsku 1 zbór w Sosnowcu 1 zbór w Muratynie (województwo lubelskie).

W 1948 rozpoczęto działalność wydawniczą: ukazał się m.in. miesięcznik „Jedność” (2000 egz.) i „Śpiewnik Kościoła Chrystusowego” (10 000 egz.). Redaktorem naczelnym „Jedności” był Władysław Kołodziej.

We wrześniu 1950 Urząd Bezpieczeństwa aresztował duchownych oraz pracowników świeckich Kościoła, w tym całą Radę Kościoła w osobach: Jerzy Sacewicz – prezes Związku, Mikołaj Korniluk – sekretarz, Bolesław Winnik – skarbnik, Paweł Bajeński i Nikon Jakoniuk – członkowie Zarządu.

W 1951 odbyła się konferencja ZKCh w Inowrocławiu, która wybrała nowy zarząd Związku. Prezesem został Paweł Bajeński, sekretarzem – Konstanty Sacewicz, skarbnikiem – Nikon Jakoniuk.