Na mistrzostwach świata w Lahti w 2001 roku indywidualnie był szósty w sprincie, a w Gundersenie zajął czwarte miejsce po tym jak w walce o trzecie miejsce lepszy okazał się Felix Gottwald z Austrii. Podczas igrzysk olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku Hannu wystąpił także biegach narciarskich, docierając do półfinału sprintu techniką dowolną, ostatecznie zajmując ósme miejsce. W kombinacji Finowie w swoim stałym składzie zdobyli drużynowe mistrzostwo olimpijskie. Był to pierwszy drużynowy złoty medal w kombinacji w historii startów Finów na igrzyskach. Indywidualnie Manninen przyzwoicie wypadł w sprincie, gdzie był siódmy, jednak w Gundersenie zajął tylko 14. pozycję. Spowodowane to było słabą postawą na skoczni, Fin po skokach zajmował odpowiednio 17. i 22. miejsce.
Pięć miejsc na podium, w tym zwycięstwa w sprincie 29 listopada w Ruce oraz 5 grudnia 2002 roku w Harrachovie dały mu czwartą pozycję w klasyfikacji sezonu 2002/2003. Zdecydowanie silniejszą konkurencją Manninena był bieg narciarski. Po starcie w biegach na Igrzyskach w Salt Lake City Fin postanowił spróbować swych sił w Pucharze Świata w biegach. Wystartował w sprintach techniką dowolną 19 grudnia 2002 roku w Linzu i 20 marca 2003 roku w Borlänge, zajmując odpowiednio ósme i trzynaste miejsce. Dało mu to 60.